医药行业经营结构性分化，创新药与研发外包服务表现亮眼。2025年前三季度医药行业上市公司营业收入同比下降0.5%，归母净利润同比增长0.3%，扣非归母净利润同比增长10.6%。2025年前三季度医药行业收入与去年同期持平略降，利润端一季度因CXO及制药产业链板块业绩复苏出现的回升，在三季度再次下滑。前三季度宏观经济环境变化叠加医保控费压力持续较大，医药行业整体经营承压，部分细分领域结构性修复趋势显现，其中化学制剂板块开启创新转型，部分创新药产品通过海外BD带来首付款收益；研发外包服务订单复苏回暖，业绩表现亮眼；生物制品板块逐渐恢复至常态，医疗商业板块仍位于调整周期；医疗器械和诊断板块受集采扩面、DRG控费、医院检验互认等政策影响较大，短期内需求承压；中药板块感冒退烧药仍位于去库存周期，OTC院外消费品市场景气度较低。
医药行业盈利能力和运营质量位于低位。2025年前三季度医药行业平均毛利率48.6%，平均净利率14.3%，较去年同期下降1.1pct、0.9pct，行业整体盈利能力位于历史低位。销售费用率同比提升0.1pct，研发费用率提升0.1pct，费用端表现整体稳定。运营质量方面，2025年前三季度医药行业ROE为5.3%，同比下降1.1pct，位于历史低位。应收账款账期较去年增加4.5天；存货周转天数延长9.7天，渠道库存积压较多，部分企业经营压力仍较大。
创新药龙头率先盈利，多重利好驱动价值回归。2025年前三季度多家创新药企业核心产品持续商业化放量，其中泽布替尼、伏美替尼等创新大单品销量超预期；驱动公司业绩增长伴随利润端边际改善，百济神州、信达生物等创新药龙头上半年率先盈利。从中长期角度来看，创新药产业链支持政策进一步完善，支付端和进院环节持续优化，创新药产业发展瓶颈有望解决；同时全球主要央行利率呈降息趋势，利于创新药企业长期估值提升。
2025Q3公募基金医药持仓持续回升，资金流动反映创新药价值认可。化学制药持续领跑、结构性反弹，创新药获超配加码，而器械与医疗服务板块受政策及外部环境影响仍持续承压。2025Q3医药生物行业重仓市值环比增长29.69%至3849亿元，持仓占比达9.77%(环比-0.08pct)，但较历史均值低2.38pct，非主题基金配比4.31%(环比-0.17pct)。2025Q3医药主题基金持续加仓，非医药主题基金配置加强，资金流动反映创新药价值重估，信达生物、康方生物、三生制药排名跃升体现机构共识。
投资建议：医药板块估值经历较长时间调整，近期已呈现显著结构性修复趋势：1）持续看好医药创新：下半年创新药BD仍将持续，全球主要央行利率降息趋势有望推动估值进一步提升。2）医药投融资有望复苏：二级市场行情回暖驱动一级市场投融资回升，CXO及上游景气度持续向好。3）医疗器械触底回升：招投标数据已有好转，以旧换新积压需求逐步释放。
风险提示：政策推进不及预期的风险、医保控费及集采降价超预期的风险、创新药及创新器械企业融资困难的风险、医疗需求复苏不及预期的风险。
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